生物情報工学研究室では、コンピュータを駆使してタンパク質が機能するメカニズムを明らかにする研究を行っています。バイオインフォマティクスや、分子シミュレーション、機械学習など、計算生物学における様々な手法を用いて研究を行っており、量子化学計算を用いた酵素の触媒機構解析、分子動力学（MD）シミュレーションを用いたタンパク質の機能解析、粗視化MD法の開発と応用、機械学習に基づくタンパク質の機能予測などに取り組んでいます。また、実験研究者との共同研究を積極的に行っています。具体的な研究内容を知りたい人は、研究内容をぜひご覧ください。また、興味のある人、詳しい話を聞きたい人は、遠慮なくご連絡下さい。

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• 卒業後の進路

卒業研究を考えているみなさんへ

生命化学・工学専修の学生さんは、A1タームの生物情報科学Ⅰ、A2タームの生物情報科学Ⅱの講義や、学生実験で、計算生物学、特にバイオインフォマティクスや分子シミュレーションの分野に触れてきたと思います。ここで学んだように、コンピュータを用いると、人手では手に負えないような大量のデータの中から有用な情報を抽出することができます。また、実験では扱うことのできない微細な現象を、理論に基づいて可視化することができます。このような研究に興味を持った方は、是非、生物情報工学研究室での卒業研究をご検討ください。
生物情報工学研究室での研究には、コンピュータやプログラミングのスキルが必要となりますが、毎年4月～5月に行う新入生課題を通して、研究に必要なスキルは一通り身に着けることができます。また、同じように勉強をしてきた、研究室の先輩から教えてもらうこともできます。このため、今そのようなスキルを持っているかどうかは問題ではありません。計算生物学の分野での研究に、強い意欲を持った方の参加をお待ちしています。

大学院受験を考えているみなさんへ

生物情報工学研究室には、他大学の出身者も含め、農学、理学、工学、薬学など、さまざまな分野で学んできた学生が在籍しています。例年、5月中旬から6月上旬にかけて、入試説明会やオープンラボを行っていますので、研究室選びの参考にしてください。

生物情報工学研究室には、下記の2つの専攻から受験することができます。

• 大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻
• 大学院学際情報学府学際情報学専攻総合分析情報学コース

大学院学際情報学府学際情報学専攻総合分析情報学コースから、指導教員として、寺田を指定して受験することができます。詳細は大学院学際情報学府の入試情報をご確認ください。受験を希望される方は、夏季募集は4月末まで、冬季募集は8月末までに、寺田までご連絡ください。

大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻から当研究室を受験する場合は、以下の通り、専門科目のうちの2科目を生命情報科学1科目に代えて受験することができます。夏に実施するA日程と冬に実施するB日程がありますが、日本の大学を卒業した方が修士課程を受験する場合は、A日程のみ受験可能です（博士課程を受験する場合はB日程も受験可能です）。A日程は日本語、B日程は英語で出題されます。詳細は、大学院農学生命科学研究科の入試案内をご確認ください。

入試科目の出題範囲、キーワード、参考図書については、こちらをご覧ください。

修士課程を受験する方で、A日程を受験する方は、専攻入試説明会に続いて行われるオープンラボに参加してください。これに参加できない方は、寺田までご連絡ください。日程を調整の上、面談を行います。

修士課程を受験する方で、B日程を受験する方は、8月末までに、寺田までメールでご連絡ください。面接の上、学部において計算生物学もしくは構造生物学を専攻していた方のみ受験を認めます。ここでは、対面またはオンラインで、これまでの研究の概要や、修士課程での研究計画を発表していただき、さらに研究能力の確認を行います。

博士課程を受験する場合は、A日程を受験する場合は4月末まで、B日程を受験する場合は8月末までに、寺田までメールでご連絡ください。面接の上、修士課程で計算生物学あるいは構造生物学の分野の研究を行い、十分な成果を収めているか、実験を用いた研究で十分な成果を収め、かつ計算生物学の手法を用いることで更なる発展を見込むことができる方のみ、受験を認めます。ここでは、対面またはオンラインで、これまでの研究の概要や、博士課程での研究計画を発表していただき、さらに研究能力の確認を行います。

留学生として大学院受験を考えているみなさんへ

大学院に入学するには、日本語で出題されるA日程を受験する方法と、英語で出題されるB日程を受験する方法があります。4月に加えて10月に入学することも可能です。生物情報工学研究室では、外国人研究生は受け入れていません。
修士課程を受験、博士課程を受験のいずれの場合も、A日程を受験する場合は4月末まで、B日程を受験する場合は8月末までに、寺田までメールでご連絡ください。面接の上、修士課程については、学部において計算生物学もしくは構造生物学を専攻していた方のみ、博士課程については、これらの分野で十分な成果を収めているか、実験を用いた研究で十分な成果を収め、かつ計算生物学の手法を用いることで更なる発展を見込むことができる方のみ受験を認めます。ここでは、対面またはオンラインで、これまでの研究の概要や、大学院入学後の研究計画を発表していただき、さらに研究能力の確認を行います。

For foreign students

In the Computational Biology Laboratory, we conduct researches to clarify the mechanisms with which proteins exert their functions, making full use of computers. We use various methodologies in the field of computational biology, including bioinformatics, molecular simulations, and machine learning, in these researches. The researches include analysis of catalytic mechanisms of enzymes using quantum chemical calculations, analysis of protein function mechanisms using molecular dynamics (MD) simulations, development and application of coarse-grained MD methods, and protein function prediction using machine learning methods. We also actively conduct collaborative researches with experimental researchers. Please feel free to contact us if you are interested in our research or wish to talk about more details about our researches.
The entrance examination is held twice a year in schedules A (summer) and B (winter). In the examination of schedule A, questions are asked in Japanese, whereas in the examination of schedule B, questions are asked in English. You can answer in English in either examination. If you pass the examination, you can choose to enroll in either October or April. For details, please follow this link. Note that we do not accept Graduate International Research Students of the non-regular course.
For master’s course, we accept students who have majored computational biology or structural biology. For doctoral course, we accept students who have achieved sufficient research results in computational biology or structural biology and students who have achieved sufficient research results in experimental molecular biology and can further extend the research using the methodologies of computational biology.
If you wish to enter the Computational Biology Laboratory, please contact Prof. Terada by email by the end of April (schedule A) or by the end of August (schedule B). We will have interviews, in which you are requested to present the research you have conducted and your research plan after you enter the Computational Biology Laboratory. Your research skills are also evaluated.

卒業後の進路

博士課程を卒業した人は、ポスドク、助教、企業の研究員など、研究職に就く人が非常に多く、修士課程を卒業した人の進路は、IT系企業、バイオ系企業のほか、シンクタンク、コンサルタントなど多岐にわたっています。