以下の資料は、平成20年度以前の「バイオインフォマティクス実習」の資料です。
生命化学・工学専修３年生「コンピュータ実習」の資料は、実習前にアップします。
最新版の「バイオインフォマティクス実習」の資料は、こちらにアップしています。
詳しい内容は、講義のスライド資料をご覧下さい。
ゲノム情報解析、遺伝子発見、Perl、Cを用いた簡単なツールの利用。ゲノムネットのKEGGを用いて、代謝パスウェイの階層を概観し、代謝パスウェイの生物種間の比較、遺伝子の検索などを行う。「バイオインフォマティクス実習」のスライド資料を参照のこと。
GenBankを用いたホモロジー検索から、GenScanを用いた遺伝子発見、その結果とGenBankやゲノムプロジェクトのデータベースとの比較について実習する。ホモロジー検索や遺伝子発見の手法については、「バイオインフォマティクス実習」のスライド資料を参照のこと。
タンパク質の機能をアミノ酸配列から調べる方法として、モチーフ、ドメイン検索、細胞内局在部位予測、各種シグナル予測、膜貫通ヘリックス予測があり、多数のデータベース、ツールを用いて実習を行う。また、Clustal Wと進化系統樹の作成の実習も行う。実習の詳しい手順は、「バイオインフォマティクス実習」のスライド資料を参照のこと。
Rパッケージを用いた統計処理の基礎を実習し、とくにマイクロアレイのデータ解析を行う。
Rパッケージを用いて、講義の実例を含む、バイオインフォマティクスの様々な解析を行う。
タンパク質構造データベースPDBとその検索、タンパク質の構造比較・構造分類、さらに構造予測の実習を行う。実習の詳しい手順は、「バイオインフォマティクス実習」のスライド資料を参照のこと。構造予測は、ホモロジーモデリングの代表的なツールであるModellerを用い、さらに、Verify3Dを用いたモデル構造評価についても実習を行う。
PubMedの検索について実習し、検索条件の絞り込み方、統制語彙について学ぶ。また、Google Scholarについても触れる。